陰莖的形成是因爲受到胚胎體內的特定的睾丸素的刺激。如果沒有該激素，胚胎的生殖器就會發育成女性陰道。從陰莖一直到睾丸的下方，可以看見合併以後痕跡。有些胚胎因爲沒有完全合併，所以在陰莖下方會有開口。必須要手術修補，不然尿液可能會從陰莖下方流出。
陰莖（penis）可分爲頭、體和根三部分。後端爲陰莖根，藏於陰囊和會陰部皮膚的深面，固定於恥骨下支和坐骨支，爲固定部。中部爲陰莖體，呈圓柱形，以韌帶懸於恥骨聯合的前下方，爲可動部。陰莖前端的膨大部分爲陰莖頭，頭的尖端有矢狀較狹窄的尿道外口（external orifice of urethra）。頭後較細的部分爲陰莖頸。
陰莖主要由兩個陰莖海綿體和一個尿道海綿體組成，外面包以筋膜和皮膚。陰莖海綿體（cavernous body of penis）爲兩端細的圓柱體，左、有各一，位於陰莖的背側。左、右兩者緊密結合，向前伸延，尖端變細，嵌入陰莖頭後面的凹陷內。陰莖海綿體的後端左、右分離，稱爲陰莖腳，分別附於兩側的恥骨下支和坐骨支。尿道海綿體（cavernous body ofurethra）位於陰莖海綿體的腹側，尿道貫穿其全長。中部呈圓柱形，前端膨大爲陰莖頭，後端膨大稱爲尿道球（bulb of urethra），位於兩陰莖腳之間，固定在尿生殖膈的下面。每個海綿體的外面都包有一層厚而緻密的纖維膜，分別稱爲陰莖海綿體白膜和尿道海綿體白膜。海綿體內部由許多海綿體小樑和腔隙構成，腔隙是與血管相通的竇隙。當腔隙充血時，陰莖即變粗變硬而勃起。三個海綿體外面共同包有淺、深陰莖筋膜和皮膚。
陰莖的皮膚薄而柔軟，富有伸展性，皮下無脂肪組織。皮膚在頭和頸處與深層貼附緊密，其餘部分則疏鬆易於遊離，陰莖皮膚自頸處向前反折遊離，形成包統陰莖頭的雙層環形皮膚皺襞，稱爲陰莖包皮（prepuce of penis）。包皮的前端圍成包皮口，在陰莖頭腹側中線上，連於尿道外口下端與包皮之間的皮膚皺襞，稱爲包皮繫帶（frenulum of prepuce）。作包皮環切時，應注意勿傷及包皮繫帶，以免影響陰莖的正常勃起。
幼兒的包皮較長，包著整個陰莖頭，包皮口也小。隨著年齡的增長，包皮逐漸退縮，包皮口也逐漸擴大。若包皮蓋住尿道外口，但能夠上翻露出尿道外口和陰莖頭時，稱爲包皮過長。當包皮口過小，包皮完全包著陰莖頭不能翻開時，稱爲包莖。在這兩種情況下，都易因包皮腔內污物的刺激而發生炎症，也可成爲誘發陰莖癌的一個因素。#p#副標題#e#
陰莖是男子的排泄尿液和性交，交媾的器官。陰莖體由陰莖海綿體和尿道綿體組成，具有豐富的血管、神經、淋巴管。陰莖冠狀溝處神經分佈最豐富，敏感性最高。
人類的陰莖與其他哺乳動物相比缺少勃起用的軟骨，而是用充血來使得其勃起。人類的陰莖不能收縮到腹股溝中。那是一種特有的心理問題，叫縮陽症。
長度及粗細
正如人有高有矮，陰莖的尺寸也各不相同。傳言，西方白色人種的陰莖尺寸會大於亞洲人種。據統計美國白人在鬆弛時陰莖長度從7.5釐米到11釐米，勃起時可有10釐米到18釐米。亞洲人種勃起時7釐米至16釐米都是正常。陰莖的長短，和男性的性能力無關，亦不是影響女性獲得性快感的要素。一般醫學上認爲，男性陰莖長度大於5CM即可行使正常性功能。
人的陰莖和身材高矮、胖瘦、五官大小等一樣存在着衆多的差別，長短不一，粗細不齊。國內史成禮曾測定1412例中國健康男性青年的陰莖大小及126例健康男性的陰莖勃起長度。結果表明，常態時最長爲19．5釐米，最短3釐米，平均8．375釐米；周長最大14釐米，最小2．5釐米，平均7．3釐米。勃起時最長23釐米，最短8釐米，平均12釐米；勃起時周長最大14釐米，最小8釐米，平均10．75釐米。劉國振等調查的1000例正常成年男子的陰莖長度爲：常態下長度範圍爲4．9－8．6釐米，平均6．55釐米，最長11．6釐米，最短3．7釐米。吳偉成等對2547例16－25歲男大學生陰莖進行測量，其長度平均值爲7．43釐米，周徑平均爲8．17釐米；陰莖牽長平均13．34釐米，與計算出的勃起長度13．08釐米相似，故考慮牽長可代表勃起後長度。可見不同作者的測量結果也存在一定的差別，其結果還受地區、民族等影響。此外，在常態下同一個人的陰莖長度也不恆定，如緊張、寒冷或嚴重疲勞時都可使陰莖短縮。
