血栓閉塞性脈管炎的病因至今尚不清楚，一般認爲與下列因素有關：
（一）吸菸 綜合國內外資料，血栓閉塞性脈管炎患者中吸菸者佔60～95%。臨牀觀察發現，戒菸能使血栓閉塞性脈管炎患者病情緩解，再度吸菸又可使病情惡化。Erb等在鼠的動物實驗中發現，菸草浸出液能引起血管病變。Harkavy等用菸草浸出液作皮內試驗發現，血栓閉塞性脈管炎患者陽性率達78～87%，而正常人僅爲16～46%。但吸菸者中發生血栓閉塞性脈管炎畢竟還是少數，部分血栓閉塞性脈管炎患者亦無吸菸史。
因此，吸菸可能是血栓閉塞性脈管炎發病的一個重要因素，但不是唯一的病因。
（二）寒冷、潮溼、外傷 我國血栓閉塞性脈管炎的發病率以比較寒冷的北方爲高。流行病學調查發現，80%的血栓閉塞性脈管炎患者發病前有受寒和受潮史;部分患者有外傷史。可能這些因素引起血管痙攣和血管內皮損傷，並導致血管炎症和血栓閉塞。
（三）感染、營養不良 臨牀觀察發現，許多血栓閉塞性脈管炎患者有反覆的黴菌感染史。Thompson發現血栓閉塞性脈管炎患者的皮膚毛菌素試驗陽性率爲80%，而對照組僅20%。Craven認爲，人體對黴菌的免疫反應，誘發血液纖維蛋白原增高和高凝狀態可能與血栓閉塞性脈管炎的發病有關。
許多國家的學者發現，血栓閉塞性脈管炎在經濟收入和生活水平低下的人羣中多見。Hill等分析了印尼的血栓閉塞性脈管炎後發現，大多數患者的飲食中缺乏蛋白質，尤其是必需氨基酸。還有人在作大白鼠試驗時發現，飲食中缺乏VitB1和VitC可誘發大白鼠的血管炎。因此，蛋白質、維生素B1和維生素C缺乏可能與本病有關。
（四）激素紊亂 血栓閉塞性脈管炎患者絕大多數爲男性（80～90%），而且都在青壯年時期發病。有人認爲，前列腺功能紊亂或前列腺液丟失過多，可使體內具有擴張血管和抑制血小板聚集作用的前列腺素減少，並有可能使周圍血管舒縮功能紊亂、血栓形成從而導致本病。
（五）遺傳 血栓閉塞性脈管炎患者中1～5%有家族史。不少學者發現人類白細胞抗原（HLA）的某些特殊位點與血栓閉塞性脈管炎的發病有關。日本學者發現血栓閉塞性脈管炎的HLA-J-1-1陽性率爲46%，而正常人僅18%。另有報道，血栓閉塞性脈管炎患者的HLA-BW54、HLA-BW52和HLA-A陽性率增高。其中HLA-J和HLA-BW54均受遺傳因子支配。
（六）血管神經調節障礙 植物神經系統對內源性或外源性刺激的調節功能紊亂，可使血管容易處於痙攣狀態。長期血管痙攣可使管壁受損、肥厚，容易形成血栓導致血管閉塞。
（七）自身免疫功能紊亂 近10餘年，自身免疫因素在血栓閉塞性脈管炎發病中所起的作用日益受到重視。Gulati等發現血栓閉塞性脈管炎患者血清中ⅠgG、IgA、和ⅠgM明顯增加，而補體CH50和C3則減少，並在患者的血清和病變的血管中發現抗動脈抗體和對動脈有強烈親合力的免疫複合物。Smoler等在20例血栓閉塞性脈管炎中發現7例存在膠原抗體，而對照組無1例存在膠原抗體。Bollinger等和Berlit等則分別在血栓閉塞性脈管炎中發現彈性蛋白抗體。Gulati等認爲，吸菸等因素可改變血管抗原性，產生自身抗動脈抗體。由此形成的免疫複合物沉積於患者的血管導致血管炎症反應和血栓形成。
