一般而言，阿斯伯格症兒童和高功能自閉症兒童的差異性很小，通常被稱爲自閉症的延續或是變異的自閉症。因此，有些阿斯伯格症兒童，也常被誤認爲是自閉症，但其和自閉症之間仍存在着差異性，以下提供了幾點比較：
語文智商的比較
語文流暢度的比較
動作協調的比較
社會互動的比較
攻擊以及暴力行爲
語文智商分面：
一般在定義阿斯伯格症和高功能自閉症，通常以智商七十以上來作爲範圍。一九九八年，調查三百三十個個案研究中發現，高功能自閉症兒童在語文智商方面，普遍低於阿斯伯格症兒童。高功能自閉症兒童語文智商平均爲七十七，阿斯伯格症兒童則爲九十八;在操作智商方面，阿斯伯格症兒童爲九十，高功能自閉症兒童爲八十六。研究結論顯示，語文智商是可以做爲診斷阿斯伯格症兒童和高功能自閉症兒童的標準。
自閉症兒童對於某些事情大多有特殊的興趣或特殊的天賦，例如機械性計數的能力、機械性音樂的能力、機械性的判斷能力，比較不屬於思考性能力;而阿斯伯格症兒童則不同，阿斯伯格症兒童可能一直會思考諸如「美國應該有一州是沒有空氣的」等思考性問題。相對於高功能自閉症所特有的機械性特殊能力，阿斯伯格症兒童在特殊能力方面則屬思考性的。
語文流暢度方面：
在語文流暢度方面，阿斯伯格症兒童沒有困難，兩歲前即會出現單字，三歲就會說整個句子，但在四歲前，「你」、「我」、「他」等稱謂還是會混淆，而且容易會有反覆和重複對方話語的情況。阿斯伯格症和高功能自閉症最大的差異在於，高功能自閉症的自發性語言非常少，不會流暢的表達;阿斯伯格症兒童則在自發性語言和對談上並沒有問題。問題則在於對談時，亞斯柏格症兒童會有「冗長的對談」，不管對方有沒有興趣，會和對話者一直談同一件事情（例如他自己感興趣的事），容易引起對方的反感，進而影響到其人際關係的互動。#p#副標題#e#
動作協調方面：
在動作方面，高功能自閉症兒童的大肌肉動作沒有問題，阿斯伯格症兒童則動作顯的非常笨拙，他們一般的動作協調困難有四項：
1.模仿肢體動作有困難。
2.無法順利的接球。
3.單腳站立有困難。
4.兩手無名指彎曲有困難。
社會互動方面：
在社會互動能力方面，和自閉症兒童不同的是，亞斯伯格症兒童是具有能力、有興趣，且會去參與，但因爲他的社會直覺和一般人有差異，所以無法瞭解人際互動的意義。例如請他舉右手，他會舉左手，原因是他面對着施令者，會以模仿的方式，跟着施令者舉相同的手。所以在教導阿斯伯格症兒童時，應注意其「參考點」的問題，以教寫字爲例，不要面對着他寫，而是到他身旁教導他，以免寫出來的字左右上下相反。
攻擊以及暴力行爲方面：
阿斯伯格症兒童因有滿高的道德標準，因此也容易會引發互動上的衝突。例如過馬路時，看到有人闖紅燈，他們會馬上義正嚴詞的制止：「不行，叫警察來抓你喔！」。像是發生類似的情況，就很容易和其它人發生衝突，而被誤解有攻擊暴力行爲。有時候，他們只是因爲被「逼急」了，纔會產生攻擊或暴力行爲。
