肛瘻多爲一般化膿性感染所致，少數爲特異性感染，如結核、克隆病，潰瘍性結腸炎更少見。直腸肛管外傷繼發感染也可形成肛瘻，直腸肛管惡性腫瘤也可潰破成瘻管，但都少見，與一般化膿性肛瘻有明顯區別。
肛管直腸周圍膿腫有兩大類：一類與肛腺及肛瘻有關，稱爲“原發性急性肛腺肌間瘻管性膿腫”簡稱“瘻管性膿腫”，較多見;一類與肛腺及肛瘻無關，稱爲“急性非肛腺性非瘻管性膿腫”，簡稱“非瘻管性膿腫”較少見。
推測性激素的影響是肛瘻發生的主要原因。在青春期，人體自身的性激素開始活躍，隨即一部分皮脂腺，特別是肛腺開始發育增殖，男青年較女性增生明顯。由於肛腺分泌旺盛，若加上肛腺排泄不暢或肛腺管阻滯，則易感染引起肛腺炎，這可解釋男性青壯年爲何肛瘻發病率較高。而女性肛管導管較直，不如男性彎曲，分泌物不易淤積，所以女性肛瘻發病率較低。人到老年，與其他皮脂腺普通萎縮的同時，肛腺也隨之萎縮，故老年人肛瘻少見。
