肛瘻多爲一般化膿性感染所致，少數爲特異性感染，如結核、克隆病，潰瘍性結腸炎更少見。直腸肛管外傷繼發感染也可形成肛瘻，直腸肛管惡性腫瘤也可潰破成瘻管，但都少見，與一般化膿性肛瘻有明顯區別。
有人推測性激素的影響是肛瘻發生的主要原因。在青春期，人體自身的性激素開始活躍，隨即一部分皮脂腺，特別是肛腺開始發育增殖，男青年較女性增生明顯。由於肛腺分泌旺盛，若加上肛腺排泄不暢或肛腺管阻滯，則易感染引起肛腺炎，這可解釋男性青壯年爲何肛瘻發病率較高。而女性肛管導管較直，不如男性彎曲，分泌物不易淤積，所以女性肛瘻發病率較低。人到老年，與其他皮脂腺普通萎縮的同時，肛腺也隨之萎縮，故老年人肛瘻少見。
對於女性肛瘻患者的治療中，可見肛周皮膚有一個或多個瘻口，外口可有外突的肉芽組織，淺表肛痿在內外口之間可摸到條索狀物，擠壓有膿性物排出。一般的女性肛瘻的臨牀表現有以下幾種：
1.有肛管直腸周圍膿腫史，管道外口有反覆潰破流膿的特點，有間斷性腫脹、疼痛。
2.癀口溢膿：膿液稀薄，或多或少，時有時無，或排氣，或有糞便流出。急性炎症期溢膿較多，膿稠濁帶有臭味，伴有發熱。
3.肛周溼癢;由於膿液刺激，局部潮溼、瘙癢，可見溼疹樣改變。
4.排便不暢;見於複雜性肛瘻，肛管纖維化狹窄。
