肛管直腸瘻主要侵犯肛管很少涉及直腸，故常稱爲肛瘻，是與會陰區皮膚相通的肉芽腫性管道內口多位於齒線附近，外口位於肛周、皮膚處整個瘻管壁由增厚的纖維組織組成，內復一層肉芽組織，經久不愈發病率僅次於痔，多見於男性青壯年，可能與男性的性激素靶器官之一的皮脂腺分泌旺盛有關。
（一）外瘻和內瘻 外瘻至少有內外二個瘻口，一個在肛門周圍皮膚上，多數距肛門2～3釐米，稱爲外口，另一個在腸腔內，多數在齒線處肛竇內，稱爲內口，少數內口在中齒線上方，直腸壁上。內瘻的內口與外瘻相同，並無傷口，臨牀所見90%爲外瘻。
（二）低位瘻和高位瘻 瘻道位於肛管直腸環平面以下者爲低位瘻，在此平面以上爲高位瘻。後者對治療方法的選擇有關。
（三）單純性肛瘻和複雜性肛瘻 前者只有一個瘻管，後者可有多個瘻口和瘻管。
流膿是主要症狀，膿液多少與瘻管長短，多少有關，新生瘻管流膿較多，分泌物刺激皮膚而瘙癢不適，當外口阻塞或假性癒合，瘻管內膿液積存，局部腫脹疼痛，甚至發熱，以後封閉的瘻口破潰，症狀方始消失。由於引流不暢，膿腫反覆發作，也可潰破出現多個外口。較大較高位的肛瘻，常有糞便或氣體從外口排出。檢查時外口常爲一乳頭狀突起或是肉芽組織的隆起，擠壓有少量膿液排出，多爲單一外口，在肛門附近。也有多個外口，外口之間皮下瘻管相通，皮膚髮硬並萎縮。也有多個外口位於兩側，瘻管成“馬蹄形”，直腸指診在病變區可觸及硬結或條索狀物，有觸痛，隨索狀物向上探索，有時可捫及內口。若外口不整齊，不隆起，有潛行邊緣，肉芽灰白色或有乾酪樣稀薄分泌物，應懷疑爲結核性肛瘻。
