肛管直腸周圍膿腫有2大類：一類與肛腺及肛瘻有關，稱爲原發性急性肛腺肌間瘻管性膿腫，簡稱瘻管性膿腫，較多見。一類與肛腺及肛瘻無關，稱爲急性非肛腺性非瘻管性膿腫，簡稱非瘻管性膿腫較少見，肛瘻大多由前者發展而來。肛瘻多爲一般化膿性感染所致，少數爲特異性感染，如結核、克羅恩病、潰瘍性結腸炎。
直腸肛管外傷繼發感染也可形成肛瘻，直腸肛管惡性腫瘤也可潰破成瘻管，但都很少見，與一般化膿性肛瘻有明顯區別。
在青春期，人體自身的性激素開始活躍，隨即一部分皮脂腺，特別是肛腺開始發育增殖，男性較女性增生明顯。由於肛腺分泌旺盛，若加上肛腺排泄不暢或肛腺管阻滯，則易感染引起肛腺炎，這可解釋男性青壯年爲何肛瘻發病率較高。而女性肛腺導管較直，不如男性彎曲，分泌物不易淤積，所以女性肛瘻發病率較低。人到老年，與其他皮脂腺普遍萎縮的同時，肛腺也隨之萎縮，故老年人肛瘻少見。
肛瘻有原發性內口、瘻管、支管和繼發性外口。內口即感染源的入口，多在肛竇內及其附近，後正中線的兩側多見，但也可在直腸下部或肛管的任何部位。瘻管有直有彎，少數有分支。外口即膿腫潰破處或切開引流的部位，多位於肛管周圍皮膚，由於病原菌不斷經內口進入管道，加之管道迂曲行走於內、外括約肌附近，管壁由纖維組織構成，管內有肉芽組織，故經久不愈。
一般單純性肛瘻只有1個內口和1個外口，這類肛瘻臨牀上最多見。若外口暫時封閉，局部引流不暢，則又逐漸發生感染，再次形成膿腫，封閉的外口可再穿破或在其他處形成另一外口。如此反覆發作，使病變範圍擴大或有時造成幾個外口，與內口相通，這種肛瘻稱爲複雜性肛瘻，即有1個內口與多個外口。
