肛管直腸周圍膿腫一般不能自行痊癒，如任其發展，最終膿腫將向肛周皮膚或肛管直腸腔內破潰形成肛瘻，如果膿液得到引流，症狀可暫時緩解，隨後破潰口可癒合，膿液又不斷積聚，感染向周圍繼續擴散，再次出現症狀，並可能出現新的膿腫，並形成多個破潰口，如此反覆發作，經久不愈。
所以，一旦出現肛管直腸周圍膿腫應及時治療，少數肛周表淺的膿腫可採用抗生素治療、熱水坐浴、局部理療等方法消散，但多數患者需要手術切開膿腫，充分引流膿液，防止其不斷擴散，以減輕疼痛等症狀。伴有肛瘻的肛管直腸周圍膿腫，要根治必須先處理肛瘻，局部可用高錳酸鉀溶液坐浴，使會陰保持清潔。同時應用抗生素控制感染，待膿腫破潰或切開引流後3個月左右，肛瘻周圍炎症即會消退，纖維管道形成，再手術治療肛瘻。
肛周膿腫的超聲介入
肛周膿腫臨牀上較爲常見，超聲可以準確的診斷和有效的治療。傳統的外科手術容易形成肛瘻，超聲能準確地確定肛周圍膿腫的部位、大小、輪廓、形態以及與周圍組織的關係，同時可以確定膿腫是否完全液化，不僅如些，超聲可以準確地確定穿刺部位，進針方向和角度以及深度。從而完全、徹底、乾淨地引流。
（一）適應症
凡確診爲肛周膿腫而且完全液化者，均需在超聲引導下徹底乾淨地引流膿腔。
（二）禁忌症
1、有出血傾向患者。
2、膿腔未完全液化者。繼續用抗菌素，待膿腫完全液化後，再進行穿刺治療。
3、膿腔已經機化，穿刺到膿腔內抽不出膿液者，應繼續使用抗菌素。
4、直腸癌肛周圍轉移合併膿腫者。
5、膿腫通過竇道和多個膿腔相連者。
（三）併發症
1、菌血症、出血、血腫等，超聲引導下肛周圍穿刺已較少見。
2、肛瘻，外科治療肛周膿腫此併發症常見，而超聲引導下穿刺較少見。
