體檢時，許多肛管直腸疾病僅憑肛門直腸指檢即可早期發現，因此進行健康體檢時，應把它列爲常規檢查項目。體檢中，通過肛門直腸指診和便常規檢查可能發現早期直腸癌，不應因身體輕微不適或麻煩放棄檢查，失去診斷疾病的機會。
一般來講，肛門直腸指檢可分爲肛外指檢和肛內指檢兩部分。肛外指檢的方法是：戴好手套後，用食指觸及肛門周圍有無硬結、腫物和壓痛，有無波動感，並檢查肛外皮下有無瘻管、索條走向等。而肛內指檢即肛門直腸指檢。檢查方法是：在戴好手套或指套後，將食指伸入直腸內的檢查。檢查時，因醫生突然用力將手指插入肛門內，括約肌可因受到刺激而痙攣，產生疼痛，尤其是當肛管有裂口或創面時，這時被檢查者可張口呼吸以減少肛門的緊張度。
正常肛管有較好的收縮力和彈性，僅能伸入一手指。若肛門括約肌鬆弛，則失去彈性，可進2～3指，患者會出現排便失禁。通過直腸指檢，幾乎直腸下段8cm左右的長度均可觸摸到。醫生會認真地檢查直腸前後左右壁有無壓痛、包塊及狹窄，並注意包塊的大小、硬度、活動度。檢查結束後，要檢查指套有無血跡或黏液。注意血跡是鮮紅色還是暗紅色；黏液的顏色、性質、氣味如何等，可作爲診斷的參考。
如果患直腸癌的話，可以摸到腫塊質地較硬，表面高低不平或呈菜花樣，有膿液、壞死組織及暗紅色的血液，並感覺腸腔狹窄，指套上也染有暗紅色血液。在直腸指檢時，除用於早期發現直腸腫瘤外，還可以檢查下列疾病：1.直腸息肉：可觸及質軟且可推移的腫塊，指套上常染血，色鮮紅。2.內痔：內痔是柔軟的靜脈團，不易觸及，但如有血栓形成，則可摸到光滑的硬結。3.肛瘻：可摸到索狀物，有時在肛瘻內口可捫及小硬結。4.肛門直腸周圍膿腫：如骨盆直腸間隙膿腫、直腸後間隙膿腫，在直腸內可摸到壓痛性腫塊。應該指出的是，光憑肛門直腸指檢，不一定能完全確診直腸癌，還要到有條件的醫院裏，做進一步的檢查。
