先心病手術時間的選擇要綜合各種因素，年齡小對手術的耐受性是相應差一些，手術的危險性也大一些，但是如果心臟畸形複雜或病變嚴重，可導致血液循環紊亂，引起心肺功能損害。
隨着年齡增大，心肺功能的受損也逐漸加重，即使以後心臟畸形可以通過得到糾治，但受損的心肺組織其功能已難以恢復，手術成功也達不到治癒的目的。有些重危病兒由於手術不及時而危及生命。所以，先心病手術的最佳時間應該根據患兒的具體病情而定。
最常見的先心病動脈導管未閉、室間隔缺損、房間隔缺損，其手術時間要視缺損的大小而定，如缺損大，分流量大，肺充血嚴重，經常伴有心衰、肺炎等並症者，應及早手術、手術可在嬰兒期(1歲以內)進行。
對青紫型先心病，如法洛四聯症、肺靜脈異位引流等病情嚴重的患兒，如經常有缺氧發作的也應在嬰兒期手術。如病情不很嚴重，有青紫但不影響生活的可以在2歲後手術。對嚴重的心血管畸型，如大動脈錯位;永有動脈幹、肺動脈閉等，應按病兒的不同情況，儘早爭取手術。
