一般只要堅持規則的綜合治療都可治癒。
1.手術療法
對於單發、面積小的溼疣，可手術切除；對巨大尖銳溼疣，可用Mohs氏手術切除，手術時用冷凍切片檢查損害是否切除乾淨。
2.冷凍療法
利用-196℃低溫的液體氮，採用壓凍法治療尖銳溼疣，促進疣組織壞死脫落，本法適用於數量少，面積小的溼疣，可行1-2次治療，間隔時間爲一週。
3.激光治療
通常用CO2激光，採用燒灼法治療尖銳溼疣，本療法最適用女陰、陰莖或肛周的溼疣。對單發或少量多發溼疣可行一次性治療，對多發或面積大的溼疣可行2-3次治療，間隔時間一般爲一週。
4.電灼治療
採用高頻電針或電刀切除溼疣。方法：局部麻醉，然後電灼，本療法適應數量少，面積小的溼疣。
5.微波治療
採用微波手術治療機，利多卡因局麻，將桿狀輻射探頭尖端插入尖銳溼直達疣體基底，當看到就體變小、顏色變暗、由軟變硬時，則熱輻射凝固完成，即可抽出探頭。凝固的病竈可以用鑷子挾除。爲防止復發，可對殘存的基底部重複凝固一次。
6.β-射線治療
我們應用β-射線治療尖銳溼疣取得了較爲滿意的效果，該方法療效高，無痛苦、無損傷、副作用少，複發率低，在臨牀上有推廣價值。
7.藥物療法
(1)足葉草脂：本療法適用溼潤區域的溼疣，例如發生於包皮過長而未曾作包皮環切除手術的龜頭及會陰部的溼疣。但對宮頸尖銳溼疣不能用足葉草脂治療。用20%足葉草脂酊劑塗到皮損處或用藥前，先有油質抗菌藥膏保護皮損周圍的正常皮膚或粘膜，然後塗藥，用後4-6小時，用30%硼酸水或肥皂水清洗，必要時3天后重複用藥，該藥是國外用於本病治療的首先藥，一般用一次可愈。但有很多缺點，如對組織破壞性大，使用不當可引起局部潰瘍。毒性大，主要表現爲噁心、腸梗阻、白細胞及血小板減少，心動過速、尿閉或少尿，故使用時必須謹慎，發現上述反應時，應立即停藥。
(2)抗病毒藥：可用5%酞丁胺霜劑，或用0.25%皰疹淨軟膏，每日2次，外塗。無環鳥苷口服，每日5次，每次200mg，或用其軟膏外用，α-干擾素每日注射300萬單位,每週用藥五天。或干擾素300萬單位注入疣體基部，每週2次。連用2-3周，主要副作用爲流感樣綜合症，局部用藥副作用較少且輕微。
(3)腐蝕劑或消毒劑：常用有30%-50%三氯醋酸或飽和二氯醋酸，或18%過氧乙酸。用10%水楊酸冰醋酸或40%甲醛、2%液化酚、75%乙醇蒸餾水100ml混合溶液，點塗局部，用於龜頭、肛周溼疣，每日或隔日一次，效果甚好。消毒劑可用20%碘酊外塗，或2.5-5%碘酊注射於疣體基部，每次0.1-1.5ml，或用新潔爾滅外塗或以0.1-0.2%外敷，後者需配合全身療法。
(4)抗癌藥
①5-氟脲嘧啶(5-Fu)：一般外用5%軟膏或霜劑，每日2次，3周爲一療程。2.5%~5%氟脲嘧啶溼敷治療陰莖、肛周尖銳溼疣，每次敷20分鐘，每日一次，6次爲一療程。也可用聚乙二醇作基質，加入佔其幹質5%的5-Fu粉劑製成栓劑，治療男女尿道內尖銳溼疣，也可用5-Fu基底注射，多者可分批註射。
②噻替哌：主要用於5-Fu治療失敗的尿道內尖銳溼疣，每日用栓劑(每個含15mg)，連用8天，也可將本品60mg加入10-15ml消毒水中，每週向尿道內滴注，保持半小時，副作用有尿道炎。亦可用本品10mg加入10ml浸泡患處，每日3次，每次半小時，治療陰莖、龜頭冠狀溝溼疣，主要用於經其它方法治療後，尚有殘存疣體或復發者。也可將此溶液再稀釋兩倍浸泡局部，以預防復發。
③秋水仙礆：可用2-8%的生理鹽水溶液外塗，塗兩次，間隔72小時治療陰莖溼疣，塗後可出現表淺糜爛。
④爭光黴素或平陽黴素：用0.1%的生理鹽水溶液作皮損內注射，每次總量限制在1毫升(1mg)，大多一次可愈。平陽黴素爲爭光黴素換代品，用法基本相同，亦有用平陽黴素10mg溶於10%普魯卡因20ml內注射。
8.免疫療法
①自體疫苗法:用病人自己的疣體組織勻漿(融冷滅活病毒)，並進行加熱處理(56℃一小時)收集上清液注射，可用於頑固性肛周溼疣。
②干擾素誘導劑：可用聚肌胞及梯洛龍。聚肌胞每日注射2ml，連用10天，停藥1-2月後，再繼續用藥。梯洛龍每日3次，每次300mg，停藥4天，或隔日口服600mg。
③干擾素、白介Ⅱ，靈桿菌素，利百多聯合應用，療效較佳。
尖銳溼疣中醫治療：
療法一溼疣外洗方：虎杖，龍膽草，大黃，赤芍，石榴皮，枯礬，莪術，紫草，水煎成2000ml微溼擦洗疣體15-20分鐘，每天2次。
療法二水晶膏、石灰水、糯米各適量。將糯米放於石灰水中浸泡24-36小時，取糯米搗爛成膏備用，使用時將膏直接塗在疣體上，每天1次，直至疣體脫落。
療法三灸法：局麻後，將艾炷放在疣體上點燃任其燒盡，視疣體大小每次1-3炷，每天1次，至疣體脫落。
療法四火針：局麻下用火針從疣體頂部直刺至疣體基底部，視疣體大小每個疣體1-3次，直至脫落。
療法五鴉膽子製劑：常用單味鴉膽子或鴉膽子的複方製成油劑、糊劑、軟膏直接點塗疣體使之枯萎脫落。有一定的刺激性，要注意掌握鴉膽子的分量和使用方法。
治療方法的選擇：
①男女兩性外生殖器部位可見的中等以下大小的疣體(單個疣體直徑<0.5cm，疣體團塊直徑<1cm，疣體數目<15個)，一般外用藥物治療。
②男性的尿道內和肛周，女性的前庭、尿道口、陰道壁和宮頸口的疣體；或男女兩性的疣體大小和數量均超過上述標準者，建議用物理方法治療。
③對於物理療法治療後，尚有少量疣體殘存時，可再用外用藥物治療。
④無論是藥物治療或物理治療，必須做醋酸白試驗，儘量清除包括亞臨牀感染在內的損害，以減少復發。
⑤孕婦尖銳溼疣的治療：在妊娠早期應儘早治療；在臨近分娩仍有皮損者，如阻塞產道，或陰道分娩會導致嚴重出血，則應考慮剖宮產；鬼臼毒素(足葉草毒素)、足葉草酯、氟尿嘧啶有致畸作用，孕婦禁用；咪喹莫特對孕婦的安全性尚未確定。孕婦可選用50%三氯醋酸溶液外用、激光治療、冷凍治療或外科手術治療。尖銳溼疣不是終止妊娠的指徵，當疣體較大，阻塞產道或導致嚴重出血時，需考慮剖宮產。
注意事項
(1)自然轉歸形式：自行消退、保持不變、大小及數目增加。部分患者未進行任何治療也可癒合。
(2)目前的尖銳溼疣治療方法可以降低傳染性，但可能不能根除其感染性。
(3)應根據患者的病情和要求、可用的資源及醫師的經驗選擇合適的治療方法。
(4)患者多合併其他感染，治療前應進行必要的檢查，局部合併有炎症或其他感染時，應先控制其他感染及炎症，以免導致治療後皮損擴散。
(5)治療後應進行隨訪，無論用何種方案治療，一旦疣體被除去，應保持局部清潔和乾燥，促進創面癒合，可局部外用抗生素軟膏，必要時可口服抗生素，以防繼發細菌感染。
預後：尖銳溼疣的預後一般良好，雖然治療後複發率較高，但通過正確處理最終可達臨牀治癒。
