生殖器皰疹臨牀表現中可分爲原發和復發兩種。原發指首次感染病毒，一般從接觸到發病約2-10天，也就是潛伏期。
患病部位先有燒灼感，很快在紅斑基礎上發生3-10個成羣的紅色丘疹，伴有瘙癢，丘疹很快變成小水皰，3-5天后變爲膿皰，破潰後形成大片的糜爛和潰瘍，自覺疼痛，最後結痂癒合。整個病程可持續20天左右。
在男性好發於龜頭、冠狀溝、尿道口、陰莖、陰囊、大腿和臂部等處。女性好發於陰脣、陰阜、陰蒂、肛周或陰道。約90%的病人，病毒可同時侵犯子宮頸，出現陰道分泌物增多或下腹痛，並可併發宮頸炎和子宮炎。大多數男女病人雙側腹股溝淋巴結腫大。
後期炎症波及尿道、膀胱時，可出現排尿困難、尿痛、尿頻、嚴重者可發生尿瀦留等現象。此外，還可能有其它症狀同時出現，如發熱、全身不適、頭痛、頸項強直、腦膜炎和骶部神經系統功能不全。
此病女性多於男性，症狀也較男性嚴重。在發病人中約10%有咽炎，10%男性與26%女性的原發性生殖器皰疹病人同時伴有生殖器以外的病損，主要在臂部與手指，常見生殖器出現皰疹後的第2周，大多是受感染的生殖器部位的病毒自身接種而致。
在患有生殖器皰疹的病人中，男性同性戀者可出現直腸Ⅱ型皰疹病毒肛門直腸感染，其發病僅次於淋球菌引起的男性肛門直腸炎。臨牀表現爲肛門直腸疼痛嚴重、便祕、排膿和裏急後重，肛門可有皰和潰瘍。
複發性生殖器皰疹在原發後1-4個月內發生。第一次Ⅱ型皰疹病毒感染後一年內將近60%患者復發，第一年可復發4-6次。以後次數減少。復發患者全身症狀較原發輕，每次發作的病程也較短，通常皮損約10天消退。
有學者發現Ⅰ型皰疹病毒感染後只有14%復發，大大低於Ⅱ型皰疹病毒感染的複發率。復發一般都在原處，但水皰數目、持續時間和自覺症狀均比原發者輕、淋巴結不腫大、很少有全身症狀。
複發性生殖器皰疹多發生在外陰、陰道、宮頸及龜頭等部位，尿道發病較少見。由於複發性生殖器皰疹反覆發作又難以控制，有時疼痛較嚴重等原因，造成病人思想負擔過重，而出現心理障礙害怕致癌、害怕傳染給性伴侶、迴避與性伴侶的性生活、不願與異性交往、導致性功能障礙，影響家庭和睦，甚至發生抑鬱症。
