口腔潰瘍的病因較複雜，臨牀治療要根據不同的誘因，針對性地治療，才能獲得好的療效。如：解除精神緊張的壓力、鎮靜、安眠、戒菸、酒等;有消化道疾患的要治療相應的疾病，增加機體的抵抗力，對於潰瘍局部，可採用局部塗擦止痛，消炎，促進癒合的藥物。如：魚肝油糊劑，強的鬆糊劑，養陰生肌散，潰瘍膏等，或者在進食前局部塗擦局麻藥，以減輕疼痛。
口腔潰瘍的局部治療方法主要目的是消炎、止痛、促進潰瘍癒合，治療方法較多，根據病情選用：
1.含漱劑 金黴素溶液，氯已定洗必泰溶液，高錳酸鉀溶液，呋喃西林溶液等。
2.含片 杜米芬含片，溶菌酶含片，氯已定含片。
3.散劑 冰硼散，錫類散，青黛散，養陰生肌散，黃連散等是中醫傳統治療口腔潰瘍的主要藥。此外，複方倍他米鬆撒佈亦有消炎、止痛、促進潰瘍癒合作用。
4.藥膜 其基質中含有抗生素及可的鬆等藥物，用時先將潰瘍處擦乾、剪下與病變面積大小相近的藥膜，貼於潰瘍上，有減輕疼痛、保護潰瘍面、促進癒合的作用。
5.止痛劑 有普魯卡因液，達克羅寧液，地卡因液，用時塗於潰瘍面上，用於進食前暫時止痛。
6.燒灼法 適用於潰瘍數目少，面積小且間歇期長者。方法是先用地卡因表面麻醉後，隔溼、擦乾潰瘍面用一面積小於潰瘍面的小棉球蘸上硝酸銀液或三氮醋酸酊或碘酚液，放於潰瘍面上，至表面發白爲度。這些藥物可使潰瘍面上蛋白質沉澱而形成薄膜保護潰瘍面，促進癒合，操作時應注意藥液不能蘸得太多，不能燒灼鄰近健康組織。
7.局部封閉 適用於腺周口瘡。以醋酸潑尼龍混懸液加入普魯卡因液注射於潰瘍下部組織內，有加速潰瘍癒合作用。
8.激光治療 用氦氖激光照射，可使粘膜再生過程活躍，炎症反應下降，促進癒合。
