大多數患者病情之所以得不到有效控制和治療，一是耐藥，二是跟患者自身免疫細胞的數量不足和功能缺失有關，導致不能及時清除病毒、病情持續發展。
目前，慢性乙型肝炎的治療主要採用口服抗病毒藥物、干擾素免疫激活等方法。
其中口服抗病毒藥物是最普遍的治療方法，但這種方法只能抑制病毒而不能殺滅病毒，需要長期服用，這樣還可能導致病毒變異而產生耐藥性;干擾素主要是通過增強機體免疫起作用，如果乙肝患者自身免疫功能有缺陷，則對干擾素無應答，而且副作用大，很多患者不能耐受。所以，產生耐藥和免疫受損致使大部分患者長期不能得到有效治療。
誤診誤治情況存在
患者長期服用藥物效果不好就要考慮是否病毒變異造成耐藥所致，傳統的檢測的化驗乙肝五項僅能判斷是否感染了乙肝和傳染性大小，並不全面。而乙肝病毒基因不同區域的變異都與診治有密切關係：P區基因變異主要見於長期服用核苷類似物的患者，繼續服用可導致病情加重;C區基因變異E抗原檢測不出，大三陽患者可能檢測爲小二陽;X區基因發生變異，患者易向慢性肝炎、暴發性肝炎、肝硬化方向發展，與肝癌發生有關;S基因變異株可引起免疫逃避，造成假陰性。而結合基因突變檢測體系可對患者病情作出準確判斷，從而確立準確的治療方案。
患者重“大三陽”輕“小三陽”
一旦感染上乙肝病毒，人們總關心是“大三陽”還是“小三陽”。“大三陽”往往如坐鍼氈，“小三陽”如釋重負。正規醫院不應有“大、小三陽”的提法，這種提法不準確。
不能因爲是所謂“小三陽”就高枕無憂，因爲病毒處於活動期、轉氨酶居高不下的“小三陽”患者，忽視治療帶來的危害甚至比“大三陽”還嚴重。所以，只要病毒處於活動期，患者都應重視檢查和治療。
