很多乙肝患者不願接受服用核苷類似物抗病毒治療，他們認爲若選擇核苷類似物的話，意味着長期吃藥，很難停下來，如同上了“賊船”。然而，實際上，口服核苷類似物也不一定終生服藥。
服用核苷類似物治療乙肝一般服藥時間都要求二年以上，大三陽患者需服藥至轉爲小三陽，再維持1年後，可考慮停藥，否則，過早停藥，病毒將反彈。而小三陽患者，服藥至乙肝病毒表面抗原轉陰，方可停藥。肝硬化患者需要終生服藥。
乙肝頑疾治療起來非常困難，主要是沒有特效藥物將乙肝病毒一舉殲滅，目前殺病毒的藥物包括兩大類，即干擾素類藥物和核苷(酸)類藥物(拉米夫定、阿德福韋酯、恩替卡韋、替比夫定)。
干擾素作用較廣泛，除了抗病毒還有免疫調節、抗纖維化等作用，e抗原的血清轉換率高於核苷(酸)類藥物，適合於年輕的、肝功能處於代償期、高轉氨酶、中低水平乙肝病毒DNA並希望接受短期療程治療的患者，但其耐受性差，副作用多，要在有經驗的專科醫生指導下治療，定期監測。療程一般爲48周。核苷(酸)類藥物主要通過抑制病毒DNA聚合酶和逆轉錄酶起作用，乙肝病毒DNA的抑制作用強於干擾素，但e抗原血清轉換率相對較低。 這二類藥物並非特效藥物，療效也不是100%，只有選擇合適的治療對象，正確堅持治療方可奏效，獲得徹底治癒的概率10%左右，基本治癒的概率爲50%左右。
干擾素α是第一個批准用於慢性乙型肝炎抗病毒治療的藥物。 國內外均有大量隨機雙盲對照的多中心臨牀研究的報道，臨牀應用中也積累了豐富的經驗。相對而言，此類藥物的最大優點在於能增強患者對病毒的免疫清除能力，使之獲得持續應答，並且能在停藥後維持免疫應答，減少複發率。一般來說，干擾素α治療HBeAg陽性慢性乙型肝炎的持續應答率高於HBeAg陰性患者。新近研發的聚乙二醇化干擾素α(PegIFN α)由於延長了干擾素在體內的代謝時間，減少了藥物峯谷濃度差，穩定藥物的有效濃度，因而提高了療效。
干擾素的優點：①療程相對地固定，而核苷類藥物的療程則相對不固定;②干擾素治療HBeAg陽性乙肝時，其血清學轉換率較高(由HBeAg轉換爲抗-HBe)，一旦取得，就比較持久，有人認爲干擾素有“後續作用”，停藥後仍有“轉陰”效果;③病毒耐藥變異少，複發率低，而核苷類藥物在停藥後多有復發。④兒童和未生育的青少年優先考慮使用干擾素。⑤最好用於沒有乙肝家族史的後天感染者。缺點：①對HBV DNA的抑制沒有核苷類藥物強和快;②需要注射給藥，不方便，而核苷類藥物爲口服，每天1片，非常方便;③不良反應明顯，如發燒、身痛、關節痛、疲乏、掉頭髮等，有骨髓抑制現象(白細胞、血小板減少等)，還可發生精神異常如妄想等.④另外一個重要缺點是適應症沒有核苷類藥物寬廣，肝功處於失代償期(包括晚期肝硬化和重型肝炎)不能應用，乙肝合併妊娠也不能用干擾素。
