香菸中含有的尼古丁在進入人體後，會對肝臟中的代謝酶系統產生影響，使藥物代謝的過程加快或變慢，導致血液中藥物的有效濃度降低或增加，不能發揮出應有的作用或是使得藥物副作用增加。以下幾種常用藥可能受到吸菸的影響：
胃藥：胃病患者有時需要用奧美拉唑等抑酸胃藥，如果同時吸菸，不僅會導致胃部血管收縮，還可能延遲胃排空時間，減慢抑酸藥的吸收速度，從而影響藥效。
解熱鎮痛藥：吸菸能使含撲熱息痛(對乙酰氨基酚)的止痛、退熱藥物代謝加快，療效顯著下降。如果正在使用這類藥退燒或止疼，最好不要吸菸。
避孕藥：使用口服避孕藥期間吸菸或二手菸，可能影響心血管功能，增大發生心肌梗死的風險，相當於增大了避孕藥的“毒性”。此外，吸菸還可能讓避孕藥效果降低，造成避孕失敗。
維生素：曾有報道顯示，吸菸過多會損耗合成維生素C、某些B族維生素所需的礦物質和各種相關營養物質，間接影響其吸收。
因此，需要長期服藥的患者最好戒菸。如果實在很難戒菸，起碼在用藥期間少吸菸，特別是糖尿病、心血管疾病、消化性潰瘍、肺部疾病、過敏性疾病的患者，因爲吸菸對這些疾病的發病率和療效影響最大。總之，吸菸對藥效的影響作用不可忽視，尤其是服藥後半小時內吸菸，香菸對藥物有效成分的影響會更大。
需要提醒的是，不僅是自己吸菸，吸二手菸也會產生影響，如果有家人、同事正在服藥，請不要在他們附近吸菸。
99藥劑師溫馨提示吸菸有害健康，所以儘量不要在生病服藥期間吸菸，以免引起嚴重問題。
