百日咳的病程通常歷時潛伏期、炎症期、痙咳期、恢復期，當典型的痙咳出現，診斷並不困難。那麼，在痙咳前期就對百日咳做出診斷是問題關鍵。
百日咳病初與一般傷風感冒症狀很相似，僅表現爲發熱、打噴嚏、咳嗽等，一般很容易被人們當做感冒，但實際上只要對病兒細心觀察，就可以發現，百日咳早期在臨牀上還是有特徵的：
①隨着感冒症狀的消退，咳嗽卻逐漸加重。
②咳嗽的特點是晚上重、白天輕、有陣發性咳嗽的趨勢。
③咳嗽常伴嘔吐。
④咳嗽重而體徵少。
⑤查血象：白細胞總數增高及淋巴細胞明顯增高。
⑥有百日咳接觸史。
⑦新生兒或小嬰兒有原因不明的陣發性青紫呼吸暫停。
懷疑小兒患百日咳時，還應當做有關檢查。在醫院，醫生們常對疑似百日咳病人做細菌檢查：鼻咽部分泌物塗片、通過吸附熒光的特異性抗體作用，在熒光顯微鏡下查找病原菌;還可作細菌培養，這對早期診斷百日咳很有意義。
