1. 濾泡沒有破裂，卵細胞未被釋放出來。在這種情況下，濾泡可長的越來越大，變成一個囊腫。這種類型的濾泡可以變的很大。
2. 黃體異常長大，黃體中的腔出血，可使黃體變成一個大的囊腫。
3. 圍繞卵細胞的細胞可以自發地發育，導致形成異常的囊腫。這類囊腫有些可以發展成癌。
4. 卵細胞可自身發育（因爲它僅含有一半的人類染色體即46的一半23條），從而異常增生，囊腫形成。
5. 卵巢可以發生子宮內膜異位症。可以侵入卵巢組織導致囊腫發生。
一些囊腫可以產生數量異常的激素（雌激素和孕激素），因此能夠導致異常月經的發生。子宮內膜的變化是由雌激素和孕激素控制的。
並非所有的囊腫都可導致異常月經的發生。如果它們分泌激素的話，僅僅影響月經週期的變化。同樣地，囊腫並不定也影響排卵。
囊腫可造成疼痛，是一個潛在的有害的體徵。它們是引起下腹部疼痛（臍下疼痛）的重要原因。腹痛應該立即看診。
