血液檢查：可發現是否存在貧血或感染的跡象。克羅恩病近來，不少歐美研究報道，某些自身抗體的檢測可有助於鑑別潰瘍性結腸炎與克羅恩病，但其診斷價值在亞洲患者中尚待進一步證實。
結腸鏡檢查：利用結腸鏡作全結腸及迴腸末段檢查，是診斷克羅恩病最敏感的檢查方法。這一檢查的風險主要爲腸穿孔和出血。
鋇劑灌腸檢查：這一檢查不如結腸鏡敏感和可靠，因此通常並不作爲首選的檢查方法，但可用於不適宜進行結腸鏡檢查的患者。
X線小腸造影：可觀察小腸的病變情況，有助於確定腸腔狹窄的部位。
CT：可同時觀察整個腸道及其周圍組織的病變情況，尤其對於腹腔膿腫等併發症有重要的診斷價值。
