1、腎功能衰竭
腎結石的最主要危害就是會導致腎功能衰竭。如果任憑腎結石發展，最後可會發展爲腎臟功能衰竭，即常說的尿毒症。其次，輸尿管腎結石如果堵塞輸尿管後，腎臟內的尿液不能順利排出，就會導致腎臟積水，尿液長期積存在腎臟內，繼發感染，甚至出現尿毒症，威脅腎結石患者生命。
2、局部損傷
腎結石的出現會造成局部損傷，小而活動度大的結石，對局部組織的損傷很輕，大而固定的鹿角狀腎結石可使腎盞、腎盂上皮細胞脫落，出現潰瘍、纖維組織增生、中性粒細胞和淋巴細胞浸潤，以致纖維化。這也屬於腎結石的危害之一。
3、引發尿路梗阻
這也是腎結石的危害，也是繼發腎損害的主要原因。腎結石致泌尿系管腔內堵塞可造成梗阻部位以上的積水。腎結石造成腎盂積水過久，排尿受阻，梗阻以上部位承受壓力過大，腎臟血流減少，使腎功能下降或完全失效。
