肛裂的疼痛只發生在排便時，排便後疼痛基本消失，但反覆發作時，排便後也會有火燒火燎樣的疼痛，一般持續20～30分鐘，嚴重時可達半天以上。受涼或出汗會使疼痛加劇。
疼痛是肛裂的主要症狀。其特點是呈週期性排便痛，具體特點如下：當有便意時，肛門舒張，疼痛開始。排便時，糞便衝出裂口，立刻感覺肛門內灼痛或刀割樣疼痛，稱爲便痛。排便後數分鐘或至10分鐘，疼痛停止或減輕，稱爲間歇期。因肛門括約肌痙攣收縮，病人又感覺到劇裂疼痛。疼痛的程度，隨着肛裂的大小和深淺的不同而有輕有重。這一期間的疼痛，常持續半小時至數小時，使病人坐臥不安，十分痛苦。當括約肌痙攣而疲乏時，疼痛才逐漸停止。這是疼痛的一個週期，從排便一疼痛一緩解一疼痛的過程。之後又會因排便或噴嚏、咳嗽、排尿等都能引起週期性疼痛發作。肛裂合併有感染時，疼痛更加明顯。
因此，對肛裂病人作檢查時，動作要輕柔，一般不作窺鏡檢查或指診。病情需要時可在局麻下進行。而雙重劇痛是肛門潰瘍特有的疼痛方式。最初的疼痛是糞便擴張肛門所致，第二次的疼痛源於第一次刺激產生的肛門括約肌痙攣，痙攣通過神經傳導腰、髖、下肢，因此有人出現排尿困難、腹痛等症狀。肛門括約肌痙攣使得肛裂的傷口變得更深，傷口潰瘍糜爛。潰瘍一旦形成，糞便在潰瘍處殘留就很容易感染。感染後糜爛面向上、下、深處擴大，產生肛門潰瘍的另一特徵：息肉和疣。
從潰瘍處向上擴散的炎症刺激組織增生形成肛門息肉即肛門乳頭，有時可脫出到肛門外。同時，向下擴散的炎症刺激肛門出口附近產生小的息肉，如同在肛門周圍放哨，因此被稱爲前哨痔。炎症嚴重時可化膿，向皮膚破潰流膿，並形成膿性竇道。這是由肛門潰瘍產生的肛瘻，但它只具備瘻孔的形態與真正的肛瘻並不相同，二者的相同之處在於都只能通過手術治療，家庭治療有些困難。
肛裂發展成肛門潰瘍，往往存在諸多不良應素。肛門潰瘍可致肛門狹窄，通過手術可望恢復正常排便功能。肛裂惡化發展到肛門潰瘍，究其原因肛門潰瘍患者往往存在這樣的問題：①反覆便祕，大便乾硬；②痔核脫出、脫肛；③肛門溼疹。
