肛裂的發病學說有以下幾種：
（1） 解剖上的缺陷學說：肛裂多發生於肛門後位，主要是由於外括約肌淺層在肛管前後方各形成“Y”形薄弱區，恥骨直腸肌又加強肛管兩側的力量。因此肛門後部及前部不如兩側堅強，肛管向下後與直腸後壁形成一角度，排便時，乾燥的糞便對肛門後方薄弱區的壓力最大，又因肛管之後中線血運差，彈力較少，故造成肛門後方易受傷撕裂。這就是肛裂裂口的位置常發生於後方的原因。
（2） 感染學說：肛管上端齒線處的特殊結構如肛竇、肛門瓣、肛乳頭、肛腺等，容易被幹硬的糞團下移時所損傷，使局部產生感染和炎症，或導致肛腺阻塞化膿，潰破後形成肛裂，由於局部炎症刺激，括約肌痙攣，血液供應不足，傷口久不癒合，形成慢性潰瘍。
（3） 括約肌痙攣學說：肛門外括約肌皮下部由於病理性因素，纖維化而失去柔軟的特性，在肛門外括約肌淺層“Y”形薄弱區下端形成無彈性的橫閘，當乾硬糞團通過肛管時，此薄弱區容易破裂而出現裂口，裂口久不癒合形成慢性潰瘍。
（4） 外傷學說--肛門狹小學說：大多數學者認爲乾硬糞團通過肛管時，易引起肛管撕裂，尤其是肛門先天性發育不良者，更易受到損傷。
以上幾種學說的共同特點：肛裂與排出乾硬糞便有關，又與局部解剖結構有明顯的因果關係。可以說肛裂的發生是多種致病因素相互作用的結果。
