體外衝擊波碎石常見的併發症有血尿、絞痛和發熱等。治療後，幾乎所有的患者均會出現不同程度的血尿。絕大多數患者爲一過性的肉眼血尿，一般情況下，血尿在１～２次排尿後即會減輕或消失，不需要特殊處理。但極個別嚴重的血尿，應囑咐患者臥牀休息，並給予止血藥治療，甚至輸血。
絞痛多是由於腎結石粉碎後沒能很快地排出，導致輸尿管阻塞，從而發生急性輸尿管結石梗阻。一般給予解痙止痛的藥物可使其緩解，如持續不能緩解，間隔一定的時間後，應對阻塞的結石再行碎石治療。
發熱主要是由於碎石堵塞尿路，或治療前尿路有慢性感染及感染性結石存在引起的。爲防止發熱的發生，對存在慢性尿路感染的患者，碎石前應該給予抗感染治療；治療時應儘量將結石粉碎成小顆粒，避免造成碎石後尿路的阻塞；治療後一旦出現發熱，應積極給予抗生素控制，並及時解除梗阻。如發熱嚴重而尿路梗阻又不能很快解除，應考慮行經皮腎造瘻術。另外，體外衝擊波碎石還可能對臨近器官產生損傷等，但發生率極低。
此外，還有外科手術治療，但隨着體內衝擊波的碎石技術和腔內泌尿外科技術的發展，需要手術的患者已逐漸減少，但有時還是要採用的。
