全世界有數以百萬計的HIV感染者生活在資源貧乏的地區，沒有條件進行雞尾酒療法。即使在條件具備的地方，也需要進行機會感染的預防和治療。有時，患有嚴重機會感染的病人最好馬上開始雞尾酒療法，特別是這種感染如果很難治療的話。然在某些情況下，則最好延遲開始雞尾酒治療的時間，而對機會感染進行治療，尤其是存在藥物的相互作用和藥物毒性的迭交問題的時候。
在某些情況下，已經開始服用抗逆轉錄病毒藥物的病人可能需要其他藥物。特別是雞尾酒療法開始後不久，免疫系統恢復期間出現的機會感染，這可能需要特殊的治療。在由於病人無法堅持、或出現耐藥性等原因，導致抗逆轉錄病毒藥物失效的情況下，預防和治療機會感染變得至關重要。
提供預防和治療機會性感染，不僅可以延長HIV陽性的病人的生存期，提高他們的生活質量，而且還可以預防結核病和其他傳染性疾感染其他人。#p#副標題#e#
預防HIV相關機會感染
HIV陽性的人要避免接觸危害健康的病菌。他們應對未煮熟的肉類、家養動物、人類糞便和湖泊或河流的水特別注意。不過，目前沒有切實可行的辦法，以減少由於接觸細菌而引起的念珠菌病、鳥型結核菌感染、細菌性肺炎和其他疾病，因爲它們在日常環境中很普遍。
幾個HIV相關感染（包括肺結核、細菌性肺炎、瘧疾、敗血症和卡式肺囊蟲肺炎）是可以使用藥物進行預防的。這就是所謂的藥物預防法。有一種特殊的藥物，複方新諾明（也稱爲磺胺甲基異惡唑，複方增效磺胺和TMP - SMX）可以有效預防機會感染。這種藥既便宜又可廣泛使用。據世界衛生組織（WHO）的建議，在資源有限的情況下，以下人羣應開始服用複方新諾明：
暴露於HIV病毒中的嬰兒和兒童，應在出生後4-6周，或第一次與醫護人員接觸時便使用，並一直持續到相關感染被排除。
HIV陽性的不足1歲的兒童
1-4歲的，帶有輕微、較重或嚴重艾滋病症狀的，或CD4細胞計數低於25％的HIV陽性的兒童
帶有輕微、較重或嚴重艾滋病症狀的，或CD4細胞計數低於350/毫升的成年人和青少年
HIV陽性，並有過卡式肺囊蟲肺炎治療史的病人
根據世界衛生組織的準則，對HIV陽性的兒童的治療應至少持續到5歲。一般來說，成人和兒童的治療應一直持續下去，雖然有時在抗逆轉錄病毒治療取得成功後會停止。
某些受艾滋病影響嚴重的國家可能會選擇對所有被證實或被懷疑攜帶HIV病毒的母親所產下的嬰兒進行治療，直到排除HIV病毒感染。他們也可以選擇對某一個被診斷感染了HIV病毒的人進行治療，不論他的症狀或CD4細胞計數如何。
如果已開始雞尾酒療法的病人免疫系統較弱，或被認爲特別脆弱時，也會推薦他們使用藥物預防。而當他們的免疫系統得到恢復時，則會建議停止服用這些藥物。
對於曾經患過機會感染和並有成功的治療的人，推薦使用二線預防，以防止復發。這適用於某些疾病，如結核病，沙門氏菌，隱球菌和卡式肺囊蟲肺炎等。
