扁平苔蘚預後一般良好。可呈持續反覆發作過程，病損可長期穩定於某個病變階段，亦可逐漸自行緩解或起伏波動，甚至擴大蔓延加重。
關於扁平苔蘚癌變問題自1910年Hallopean第一次報告癌變病例以後，討論逐漸增多。Pindborg認爲其屬於癌前狀態，癌變年齡多在中年以上，糜爛潰瘍病損易發生癌變，在斑塊和萎縮性病損中也可見到。癌變原因多認爲與長期刺激有關，如煙、酒、念珠菌感染等。癌變率各學者報告很不一致，由0.4%一12.3%。
很多學者對扁平苔蘚爲癌前損害的結論尚有異議。有人提出原診斷扁平苔蘚病理學根據不足，因癌腫發生在遠離扁平苔蘚部位。多數學者意見是扁平苔蘚大多處於良性過程，應對長期糜爛、潰瘍、斑塊型扁平苔蘚進行追蹤，必要時進行活檢或手術切除。
扁平苔蘚預後一般良好。可呈持續反覆發作過程，病損可長期穩定於某個病變階段，亦可逐漸自行緩解或起伏波動，甚至擴大蔓延加重。
