雖然藥物流產有不少優點，但也有它的侷限性及副作用，爲了保證婦女健康，嚴格禁止在一般藥房出售流產的藥物，藥物流產者必須在有條件的醫療機構中進行。
進行藥物流產的一般程序如下：
1.用藥前嚴格篩選，包括詢問病史，進行全身體檢和婦科檢查，作實驗室檢查，如尿妊娠試驗、陰道清潔度、滴蟲和黴菌、血常規和血型，必要時做B超檢查。
2.醫生詳細交待服藥方法、藥物療效及可能出現的副作用，徵得同意後方可用藥。
目前常用劑量：
（具體方法停經≤49天之健康早孕婦女，空腹或進食2小時後，口服25mg米非司酮片一片，早晚各一次，共服三天，第四天清晨口服米索前列醇 600ug（200ug/片×3片），或於陰道後穹隆放置卡前列甲酯栓1枚（1mg）。臥牀休息2小時，門診觀察6小時。注意用藥後出血情況，有無妊娠產物排出和副作用。
3.流產過程中的監護：
住院觀察期間除注意血壓、脈搏、藥物副作用外，所排出的大小便均需保留在乾淨便盆內，由專人檢查並記錄有無胎囊及其排出時間，胎囊大小和出血量。如排出胎囊前後有活動性出血，可給宮縮劑或立即刮宮止血。
觀察6小時後如胎囊仍未排出，出血不多，可回家，按醫生規定日期隨診。如在家中排出組織，須帶給醫生察看。
