家庭製作酸奶最好用酸奶機。因爲它可以提供穩定的溫度，保證旺盛繁殖的一定是目標乳酸菌，而不是其他的雜菌。酸奶機的溫度是40~42℃，正好是製作酸奶所用的保加利亞乳桿菌和嗜熱鏈球菌的最佳繁殖溫度。多數致病菌的適合繁殖溫度是20~37℃，它們不喜歡40℃以上的高溫。如果溫度差異較大，則有可能造成雜菌的繁殖增加，安全性下降。
用菌粉或市售酸奶來做菌種均可。用菌粉時，加入的是冷凍乾燥的菌種，它們在溫暖環境中能夠甦醒過來發揮作用。用市售酸奶時，一定要注意買最新出廠的冷藏酸奶。因爲隨着儲藏時間的延長和儲藏溫度的上升，其中活菌數會不斷下降，影響製作酸奶時的效果。一定要注意，那些常溫下銷售的酸奶不能做種，因爲它們無法提供活菌，不能保證製作酸奶的安全性。
酸奶製作的基本要求是有足夠多的保加利亞乳桿菌和嗜熱鏈球菌，所以買兩種基本菌的菌粉即可。其他的保健菌，如嗜酸乳桿菌、雙歧桿菌、某些乳酪乳桿菌的菌株等，研究證明它們如果能夠定植在人體大腸中的話，的確對健康有益。不過，如果保證這些菌發揮作用，那麼前提是發酵後能夠有足夠的活菌數。
可是，這些菌的最適發酵條件不一定和前面說的這兩種基本菌一樣。特別是雙歧桿菌，它們屬於嚴格厭氧菌。所以，一般家庭的酸奶製作過程很難得到活的雙歧桿菌。因此，不必對菌種中的保健菌期待太高。
一般來說，作爲菌種的市售酸奶加入量在10%左右比較合適。比如說，發酵500克牛奶，用50克（小杯酸奶半杯）就可以了。這樣的量，是爲了讓乳酸菌一開始就建立絕對的數量優勢，能有足夠的能力壓制各種其他雜菌，即便是經驗不足的人，也能保證酸奶製作成功。
如果用購買來的菌種自己做酸奶，可以再用來做菌種發酵兩三次，如果用市場上的酸奶做種，最多可以再用一兩次。想增加使用次數、降低製作成本，前提是做酸奶的操作足夠規範，同時還要保證用來做種的自制酸奶質量足夠高。
在用上一次的酸奶做菌種的時候需要注意，酸奶的味道必須純正，而且要足夠新鮮。味道純正表明沒有污染太多其他雜菌。發酵適度、及時冷藏、沒有久存的酸奶中菌的活力還比較高。如果發酵過久，或者做好後沒有及時冷藏，或冷藏時間太久，則酸奶中的活乳酸菌數量就會下降。假如發覺酸奶的味道有了酒味，或者有輕微的黴味，那就說明已經污染了大量雜菌，堅決不能再用了。
做酸奶之前，假如不是用剛從滅菌利樂包裏倒出來的奶，最好把原料奶加熱一下，加熱到60~80℃，不沸騰但是可以殺滅大部分細菌，然後再降到40℃，再接種。做酸奶的盒子和加菌種的勺子等也要用沸水燙一下，或者在做酸奶的杯子、盒子裏放一勺水，在微波爐裏轉一下，用熱蒸汽殺掉上面的微生物，儘量減少雜菌的污染機會。
