正常情況下，婦女的陰道內有多種微生物寄生，陰道正常的PH值使得它們互相制約，生態平衡，陰道亦有抵制和預防生殖道感染的生理功能。當月經期，盆腔、宮腔、輸卵管生殖道粘膜充血，阻止細菌上行感染的抵抗力減弱，若在經期同房，則可能致陰道或外生殖器上的微生物移位，增加上行感染的機會，造成各種生殖器官的炎症。
首先，從女性生理健康角度講，經期同房是不可取的，因爲平時，宮頸是閉合的，細菌無法進入盆腔;但是經期宮頸就會變得鬆弛，保護能力也會下降。如果這時同房，就很容易使細菌和血液進入盆腔，從而引發感染。更嚴重的是，如果逆流的經血在盆腔裏殘存下來，可能會造成子宮內膜異位症。而炎症和子宮內膜異位症都是導致不孕的重要因素。
此外，如果女性患有子宮內膜炎或者生殖道異常，一旦女性對精液抗原產生過敏反應，就算以後生殖道恢復正常時才性交，也會引起所謂的二次免疫反應，使得女性體內不斷地產生抗精子抗體，造成女性不孕。 由此看來，經期同房危害衆多，女性朋友更應該爲自己健康考慮，對於伴侶的性要求，應該委婉拒絕。
