1、鉤蟲病
鉤蟲可引起十二指腸炎，發生出血，甚至出現黑糞，症狀可酷似消化性潰瘍。胃鏡檢查在十二指腸可見到寄生的鉤蟲和出血點。凡來自農村而有消化不良症候者，應常規作糞檢尋找鉤蟲卵，驅蟲治療有效，可與十二指腸潰瘍鑑別。
2、慢性胃、十二指腸炎
常有慢性無規律性上腹痛，胃鏡檢查示慢性胃竇炎和十二指腸球炎但無潰瘍，是主要的診斷和鑑別手段。
3、功能性消化不良（非潰瘍性消化不良NUD）
功能性消化不良是指有消化不良症狀而無潰瘍或其它器質性疾病如慢性胃炎，十二指腸炎或膽道疾病者。此症頗常見，多見於年輕婦女。有時症狀酷似十二指腸潰瘍但X線及胃鏡檢查卻無潰瘍發現。可有胃肌張力減退，表現爲餐後上腹飽脹不適，噯氣、反酸、噁心和無食慾，服用制酸劑不能緩解，但服用胃復安或嗎丁啉後可獲改善。患者常有神經官能症表現，諸如焦慮失眠、神經緊張、情緒低落、憂鬱等，也可伴有腸道易激綜合症，表現爲結腸痙攣性腹痛或無痛性腹瀉，心理治療或鎮靜安定劑有時奏效。#p#副標題#e#
4、胃泌素瘤
亦稱Zolinger-Ellison綜合徵，是胰腺非β細胞瘤分泌大量胃泌素所致，特點是高胃泌素血癥，高胃酸分泌，和多發性、難治性消化性潰瘍。腫瘤往往很小（＜1cm）生長慢，半數惡性。因胃泌素過度刺激而使壁細胞增生，分泌大量胃酸，使上消化道包括空腸上段經常浴於高酸環境，導致多發性潰瘍，以位於不典型部位（球后十二指腸降段和橫段甚或空腸遠段）爲其特點。此種潰瘍非常難治，常規胃手術後多見覆發，且易併發出血，穿孔和梗阻。約1／4－1／3病例伴腹瀉。診斷要點是：①基礎胃酸分泌過度，常＞15mmol/h，BAO／MAO60％；②X線檢查常示非典型位置的潰瘍。特別是多發性潰瘍。伴胃內大量胃液和增粗的胃粘膜皺襞；③難治性潰瘍，常規胃手術不奏效，術後易復發；④伴腹瀉；⑤血清胃泌素＞500ng/L（正常＜100ng/L）。最近報道用H2－受體拮抗劑有效，但療效不鞏固，常須切除腫瘤或作全胃切除術。
5、膽囊炎及膽石症
本病中年女性較多見，也可引起慢性、複發性上腹痛，有時誤診爲消化性潰瘍。疼痛一般缺乏潰瘍的節律性，往往因進食而發作，如有典型膽絞痛，Murphy徵陽性，急性發作時常有發熱及黃疸，膽囊造影，B超及ERCP（內鏡逆行膽胰管造影）檢查可以確診。
6、胃癌
胃潰瘍與潰瘍型胃癌之區別極爲重要，但有時比較困難。一些潰瘍型胃癌在早期，其形態和臨牀表現可酷似良性潰瘍，甚至治療後可暫癒合（假愈），故有主張對所有胃潰瘍患者都應進行胃鏡檢查，在潰瘍邊緣作多點活檢，明確潰瘍的性質。
7、胃粘膜脫垂症
本症可有上腹痛，由於脫垂間歇出現症狀亦可呈間歇性。一般上腹疼痛並無潰瘍的節律性或夜間痛，制酸劑不能緩解，但可因體位（左側臥位或牀腳擡高）所緩解。診斷主要依靠X線鋇餐檢查示十二指腸球部有“蕈樣”或“傘狀”缺損陰影。
