原發性甲狀腺功能減退症症狀和體徵與甲亢形成顯著對比，起病可以隱蔽和難以捉摸。面部表情遲鈍，聲啞，講話慢;由於玻璃樣酸和硫痠軟骨素的粘多糖浸潤使面部和眶周腫脹，怕冷顯著;由於缺乏腎上腺能衝動，眼瞼下垂;毛髮稀疏，粗糙和乾燥;皮膚乾燥，粗糙，鱗狀剝落和增厚。體重中度增加，主要是由於食物代謝降低和水分瀦留。病人健忘和顯示智能損害伴漸進性人格改變。某些表現爲憂鬱，可能有明顯的精神病(粘液性水腫狂躁)。
常有胡蘿蔔素血癥，手掌和足底特別明顯，這是由於胡蘿蔔素沉積在富有脂肪的上皮層。蛋白基質沉積使舌變得肥大。甲狀腺激素和腎上腺能興奮降低導致心動過緩。心臟可以擴大，部分是因爲擴張，但主要是由於高蛋白含有漿液滲出在心包腔內積貯。可有胸腔和腹腔滲出。心包和胸腔滲出發展較慢，僅極少數會導致呼吸窘迫和血液動力學障礙。病人一般有便祕，可以極其嚴重。手，腳麻木多見，此常由於腕-跗管綜合徵，系蛋白質基質沉積在腕，踝周圍韌帶產生神經壓迫所致。反射甚有助於診斷，因爲收縮活躍，鬆弛緩慢。甲減婦女常有月經過多，與甲亢月經過少正好相反。體溫低多見。常有貧血，通常是正常細胞-正色素性，其原因不清，但由於月經過多可以是低色素，有時因爲有惡性貧血和葉酸吸收減少出現大細胞性貧血。一般來講，貧血罕見嚴重(Hb>9g/dL)。當低代謝糾正，貧血好轉，有時需6~9個月。
粘液性水腫昏迷是威脅生命的甲狀腺功能減退症的併發症。特點包括甲狀腺功能減退症病程長，昏迷伴有極低體溫(24~32。2℃)，反射消失，癲癇發作，CO2 瀦留和呼吸抑制。嚴重低溫可被忽視，除非用特殊低讀數溫度計。必須根據臨牀，病史和體檢作出快速診斷，因爲有過早死亡的可能。促發因素包括寒冷，疾病，感染，外傷和中樞抑制藥。
