肛瘻患者都有自己切身的體會與痛苦。一旦肛瘻形成，自愈的機會極少，瘻管複雜化後，帶來許多麻煩與一定的危害性。首先是膿水污染內褲，劇烈活動後可促使膿汁外溢，局部經常受到刺激，皮膚磨擦、瘙癢，非常痛苦，影響工作和學習，久而久之可使身體虛弱消瘦，精神不振，抗病能力下降，出現貧血，發作亦越加頻繁，形成互爲因果。
由於多次反覆發作，膿液可穿破管壁順括約肌間隙蔓延而形成多發性、複雜性肛瘻，不但給治療帶來了困難，而且也影響到肛門的正常生理功能。
肛瘻的多發性，可形成直腸陰道瘻、直腸尿道瘻和直腸膀膚瘻，危及周圍臟器。並且肛瘻有惡變傾向。
