現在一般腎結石行手術取石僅是少數，其手術指徵也是相對性的，可歸納爲：
①結石大於1cm，並存在腎盂輸尿管交界處狹窄者（多爲先天性畸形）;
②腎盂原性囊腫內結石，症狀明顯;
③孤立腎較大結石;
④結石誘發癌變;
⑤結石引起急性梗阻性少尿或無尿;
⑥併發感染膿腎毀損嚴重者;
⑦震波失敗者。手術的方式方法較多，主要有以下幾種：
1.腎盂或腎竇切開取石術：多用於腎盂或腎盞內單個結石。優點是手術較簡單，出血與併發症少。若是多發性小結石，可用凝塊法取石，但仍有取不完結石的可能。對有腎盂輸尿管連接處狹窄伴發腎結石者，在取石同時應行腎盂成形術，以解除梗阻，預防結石復發。
2.腎實質切開取石：適用腎內型腎盂較大的腎盂腎盞結石。腎實質的切口在腎的背面外側緣內1.5cm的少血管Brodel白線上或該線內0.5cm，作放射狀或呈弧形切開腎實質。爲保護腎功能，常需在阻斷腎蒂血管後進行局部降溫。鹿角形結石或較大多個分散結石可行腎實質劈開取石，亦可做離體腎工作臺取石術與髂窩腎移植術。此法雖有取完結石的優點，但手術複雜，創傷大，故應用不多。
3.腎部分切除術：多用於結石集中在腎上極或下極，或存在盞頸狹小，宜切除腎的一極，否則結石不易取完，術後易復發。
4.腎切除術：現在很少應用，僅在腎大量結石伴有嚴重感染、積膿或患腎功能喪失，或癌變而對側腎正常時採用。
5.特殊類型的腎結石處理：
①一側腎結石對側輸尿管結石，應先處理有梗阻的輸尿管結石;
②雙側腎結石應先處理梗阻較重的一側;
③若雙腎結石伴有腎功能不全，宜先行腎功能較好的一側取石;
④如病情嚴重結石難以去除，可先行經膀胱鏡輸尿管插管腎盂引流或腎造瘻術，必要時手術前後行透析治療。
經皮腎取石術現已在國內外較廣應用，除可單獨取石外，亦可配合震波碎石術，縮短療程，獲得良好效果，但常可發生併發症，應加強防治工作。
