1.不孕
一些人誤認爲沙眼是沙粒吹入眼中引起的。其實，沙眼是由於感染了衣原體而造成的一種結膜和角膜的慢性炎症性眼病。這種衣原體不僅能引起沙眼，還可能導致女性不孕。
女性不孕，尤其是輸卵管性不孕，其原因是多方面的，不過，真正開始把不孕當做沙眼衣原體感染的結果來認識，這還只是近些年的事情。很早以前人們就曾經注意到結核桿菌以及淋病雙球菌的感染爲輸卵管性不孕的原因。當進入90年代後，伴隨着沙眼衣原體診斷技術的不斷進步，發現這一原因引起的不孕開始在不孕病人中佔有一定比例。現已證明，這種生殖感染性疾病起源於宮頸管，可波及腹腔，於輸卵管內腔、傘端以及周邊發病，造成粘連，以致對拾卵和輸送卵的功能產生不良影響，進而妨礙妊娠。
經調查婦科門診病人發現大約10%能夠檢測出沙眼衣原體。而且，年齡小的年齡組發生率較高，其發生率隨着性伴侶人數的增加而上升。尤其在青春期的少女，其抗原檢出率相當高。因爲正處於未生育年齡，對以後的妊娠和分娩將會帶來嚴重影響。
沙眼衣原體感染的症狀可表現爲下腹痛和性交痛。如果此時進行藥物治療，完全可以將感染治癒，進而使可能出現的併發症——輸卵管損傷消滅在萌芽之中。因此，女性不孕症在未發現其它不孕原因時，應首先想到是否感染過沙眼衣原體，並做沙眼衣原體感染抗原檢查。進一步的檢查還包括子宮輸卵管造影，可判斷輸卵管的通暢情況以及有無粘連。當無法確定輸卵管的通暢性時，可進行腹腔鏡檢查，同時可進行腹腔鏡下粘連剝離，這已成爲一種重要治療手段。
2.瞼內翻及倒睫
在沙眼的後期，病變可侵及瞼板，因瘢痕組織收縮而變短，加之瞼結膜，特別是瞼板上溝部位因瘢痕而收縮，遂使瞼板向內彎曲如舟狀，形成典型的瞼內翻倒睫。倒睫亦可單獨發生，乃由於毛囊附近受病變侵犯後產生的瘢痕所致。倒睫的長期刺激，可使角膜淺層呈現瀰漫性點狀浸潤，繼而上皮剝脫，形成潰瘍，稱沙眼性角膜炎或沙眼性角膜潰瘍，此時病人異物感、怕光、流淚、疼痛、及視力模糊等症狀。應及時作內翻矯正及電解倒睫術，以免造成嚴重的損傷。
3.沙眼性角膜潰瘍
在血管翳的末端有灰白色點狀浸潤，一旦破潰，即形成淺層潰瘍，這些潰瘍可以互相融合，形成小溝狀潰瘍。這種由沙眼血管翳所引起的潰瘍，與倒睫所引起者，均稱爲沙眼性角膜潰瘍。前者以用藥物治療爲主，後者應做手術矯正瞼內翻倒睫。
4.上瞼下垂
由於上瞼結膜及瞼板組織增生肥厚，使上瞼重量增加；同時病變侵及苗勒氏肌和提上瞼肌，使提瞼功能減弱，因而發生上瞼下垂，治療仍以沙眼爲主。
5.沙眼性眼乾燥症
由於結膜表面瘢痕化，將結膜的付淚腺及杯狀細胞完全破壞，淚腺排泄管在上穹窿部的開口也被封閉，粘液和淚液完全消失，結膜及角膜變乾燥，嚴重時結膜角膜呈瀰漫性實質性混濁，上皮角化、肥厚，形似皮膚、視力極度降低，此時應點魚肝油或人工淚液（含有甲基纖維素methylcellutose）以減輕結膜、角膜乾燥。或行淚小點封閉術，以減少淚液的流出。
6.淚道阻塞及慢性淚囊炎
沙眼衣原體侵犯粘膜，可引起淚小管阻塞，或鼻淚管阻塞，進而形成慢性淚囊炎。
7.角膜血管翳
沙眼在侵犯結膜的同時，角膜上緣往往也被累及。可發生水腫，點狀浸潤，並有成排的新生血管長入角膜淺層，嚴重時可波及整個角膜，視力受到嚴重破壞。
