由於生殖系統的局部病變和全身性疾病引起的閉經，稱爲病理性閉經。
引起病理性閉經的原因很多，可分爲以下幾個方面：
（1）精神因素。精神上的創傷、恐懼、緊張等。
（2）營養不良。
（3）全身性疾病。如嚴重貧血、結核、腎臟病、糖尿病等。
（4）子宮本身疾病。如先天性無子宮、子宮發育不良、創傷、刮宮過深、宮腔粘連等。
（5）卵巢疾病。如卵巢先天性缺如或發育不良或手術切除、惡性腫瘤等。
（6）內分泌腺疾病。如垂體、甲狀腺、腎上腺等的病變。
另外尚需注意，有些閉經屬於假性閉經，即有月經週期的變化，但因先天性畸形或後天的損傷使經血不能外流，而引起的這類閉經。這些病人往往有下腹週期性脹痛，並且逐月加重，與上述真性閉經不同。
