蜂蜜中可能有“肉毒桿菌”，會引起肉毒桿菌中毒。肉毒桿菌是一種罕見的、而且比較嚴重的、可以通過肉毒桿菌污染的食物傳播疾病。
肉毒桿菌存在於土壤與灰塵中。蜜蜂在採取花粉釀蜜的過程中，可能會把帶菌的花粉和毒素帶回蜂箱，使蜂蜜受到肉毒桿菌的污染。所以蜂蜜中含有的肉毒桿菌芽孢數量非常高。研究表明極微量的肉毒桿菌就會使嬰兒中毒。
雖然肉毒桿菌孢子本身並無毒性，但是當它進入嬰兒體內之後，在胃腸裏生長產生毒素，可導致中毒症，而嬰兒與年齡稍大的孩子與成人不同，1歲以內的嬰兒體內還沒有形成完好的腸道微生態屏障來抵抗肉毒桿菌芽孢的侵襲，當寶寶攝取了有污染的蜂蜜後，就可能會引起中毒。
中毒寶寶主要表現爲持續便祕，以至出現神經麻痹、哭泣微弱，呼吸困難等症狀，非常危險。另外蜂蜜太甜會破壞寶寶正常胃口，會使寶寶不接受白開水，所以小嬰兒不建議餵食蜂蜜。另外蜂蜜中含有激素類物質，長期使用有促進性早熟之疑。
