自身免疫性肝炎多呈緩慢發病，約佔70％，少數可呈急性發病，約佔30％。本病臨牀特徵爲女性多見，呈慢性活動性肝炎表現。檢查可見高球蛋白血癥和肝臟相關自身抗體出現，病理切片改變則表現爲肝細胞呈片狀壞死和橋狀壞死，多有漿細胞、淋巴細胞和單核細胞浸潤。本病的診斷需排除其他類似表現的肝病，尤應排除病毒感染性肝炎。
自身免疫性疾病通常都具有很大的隱匿性，由於是免疫功能紊亂，患者常常會有全身各個器官的損傷，症狀多樣，讓人找不到頭緒。比如，患者可有關節痠痛、低熱、乏力、皮疹、閉經等易被誤診爲關節炎、結締組織病等；一段時間後才逐漸出現乏力、噁心、食慾不振、腹脹、肝脾區疼痛、出血傾向和體重減輕等肝炎症狀。如不及時治療，病情發展至肝硬化後，可出現腹水、食道胃底靜脈曲張破裂出血、肝性腦病等比較嚴重的併發症，而且該病比病毒性肝炎進展到肝硬化的時間還要快。自身免疫性肝炎病人還常伴有肝外系統免疫性疾病，最常見爲甲狀腺炎、潰瘍性結腸炎、1型糖尿病、類風溼性關節炎等。因此，在臨牀上，自身免疫性肝炎很容易被誤診或漏診。
實驗室檢查以γ球蛋白升高最爲顯著，肝功能檢測血清膽紅素、穀草轉氨酶、谷丙轉氨酶、鹼性磷酸酶均可升高，血清白蛋白、膽固醇酯降低，反映了自身免疫性肝炎以肝細胞損害爲主的特徵。
自身免疫性肝炎很難預防，但卻可以控制，及早發現、及時治療極爲重要。對原因不明的肝炎患者及時檢測肝抗原、自身抗體等免疫學指標將有助於疾病的診斷。
