HIV水平的降低伴隨着與HIV類似的關鍵前體蛋白Gag的封閉過程。事實上該蛋白位於含有自噬蛋白LC3的複合物中。“這看起來自相矛盾，”Deretic說。“但只是有些東西你還不知道。人們在酵母菌中發現自噬並不僅僅是一個降解的過程，它還在某些生物合成途徑中起作用。”包括將Cyt蛋白轉運至液泡中。同時，研究結果也顯示Gag蛋白可能由自噬體或其組分攜帶用於物質轉運以完成其成熟過程。
研究組隨後尋找病毒‘攪拌器’以便封閉自噬體但允許Gag蛋白作用。首選是HIVNef蛋白，它可與液泡內的質子ATP酶相互作用從而阻斷生物必需的酸化過程使得細胞器降解。使用成熟病毒，研究組發現缺乏Nef蛋白的HIV不再從增加的自噬作用中獲益取而代之的是病毒的降解。目前還不清楚Nef究竟是如何封閉自噬體阻止其成熟的。
該研究的臨牀應用肯能爲時尚早。如果治療設想是通過使用例如能誘導自噬的雷帕黴素殺滅病毒，那麼首先需要封閉Nef蛋白，Deretic提醒道。該想法並非沒有現成實例的支持。“在澳大利亞就有缺失Nef蛋白的HIV病毒株，”他說。“由於病毒不能通過自噬大量複製，所以感染該株病毒的人不會進展爲艾滋病。”
Deretic還有另一個讓人興奮的主意。高活性抗逆轉錄病毒治療常將血液中的病毒負荷一掃而光。但病毒仍然存在於特定局部例如腸淋巴樣組織中。“我希望，”Deretic說，“能夠到達那些局部位置將抗逆轉錄病毒療法無法真正殺傷或對其有抵抗的病毒完全殺滅。我對此抱有很大希望因爲自噬作用將能夠幫助我們做到這一點。僅僅五年之前，我們都不敢對此有所奢望。”
