對艾滋病陽性母親所生新生兒的檢測程序是：出生後48 時進行第一次檢測，大約40%感染的嬰兒可以在這個時期得出診斷，爲了防止母血的污染，最好取臍帶血標本進行艾滋病檢測。
出生時艾滋病檢測爲陰性的嬰兒應在14 天進行1次重複艾滋病檢測，因爲病毒學實驗檢測的敏感性在2周時大幅度增加了。仍然陰性的嬰兒應該在1-2個月時進行重複艾滋病檢測。出生時和1-2個月時病毒學檢測爲陰性的孩子應該在3-6個月時再次進行艾滋病檢測。
不論年齡多大，下列情況下均可排除艾滋病感染：非母乳餵養的嬰兒大於1個月時2次或2次以上病毒學艾滋病檢測爲陰性，4個月時1次病毒學艾滋病檢測爲陰性，6個月或以上時2次以上艾滋病抗體IgG檢測爲陰性且2次檢測至少間隔1個月同時沒有臨牀或病毒學艾滋病感染的證據。
12個月時最好做艾滋病抗體血清學艾滋病檢測以確認來自母體的艾滋病抗體是否已經消失，如果以前沒有2次以上確認艾滋病抗體陰性，或12個月以上艾滋病抗體仍然是陽性，15－18個月時就應重複進行艾滋病抗體檢測HIV DNA PCR始終檢測爲陰性的孩子失去艾滋病抗體可以肯定地認爲沒有艾滋病感染，18個月時艾滋病抗體仍然是陽性可以診斷艾滋病感染。
根據艾滋病檢測呈陽性的時間，可以大致推測發生艾滋病感染的時期，48 天或之前病毒學陽性可以認爲是早期（子宮內）感染，出生後1周病毒學陰性後轉爲陽性的可以認爲是後期（生產時）感染。
—般早期感染的嬰兒比後期感染的進展更快，應給予更加積極的治療。雖然在出生後48 天和出生後7天病毒培養和HIV RNA的水平是有差異的，但是這種差異在出生2個月時幾乎消失。出生第1個月時HIV RNA的拷貝數比病毒培養的陽性能更好地預示病程的快速進展。
