真菌性食物中毒是由於真菌毒素污染了食物（大多數真菌毒素不容易被烹煮的高溫所破壞）而引起。
急性真菌食物中毒潛伏期短，常引起胃腸症狀如噁心、嘔吐、腹脹、腹痛、偶有腹瀉，而後出現體內各器官系統（肝、腎、神經、血液）的損害。真菌性食物中毒主要有：
黃麴黴毒素中毒：黃麴黴毒素由黃麴黴菌產生，它多寄生於玉米、花生、大米、小麥等糧食及食用油中。急性中毒可引起肝腫大、壓痛、黃疸、肝功能異常及腎的損害，１周左右死亡。慢性中毒可引起肝的癌變。
黃變米中毒：大米、小麥、玉米被青黴菌等污染變黃，其毒素食入後引起神經麻痹、驚厥或呼吸麻痹而死亡。
灰變米中毒：半裸鐮刀黴菌污染大米，使之變爲灰褐色，食後引起胃腸道症狀。
赤黴毒素中毒：小麥污染赤黴菌後，小麥變紅色，食後１０分鐘～３６小時出現噁心、嘔吐、眩暈。
黴玉米中毒：因鐮刀黴菌及青黴菌是由於污染玉米引起的，主要爲胃腸道症狀。
黴甘蔗中毒：食後發病快，約１５分鐘左右出現頭暈、頭痛、噁心、嘔吐、腹痛及腹瀉。部分病人出現神經系統症狀如眩暈、陣發性痙攣、瞳孔散大。３天后體溫升高，可持續１～９天，嚴重者出現肝、腎損害。
