一種真菌可有幾種毒素，而不同種真菌又可有相同毒素，所以真菌性食物中毒時往往出現相似的症狀。
一般來說，急性真菌性食物中毒潛伏期短.
胃腸道症狀:
如上腹不適、噁心、嘔吐、腹脹、腹痛、厭食、偶有腹瀉等（鐮刀黴菌中毒較突出）。
依各種真菌毒素的不同作用，發生肝、腎、神經、血液等系統的損害，出現相應症狀，如肝臟腫大、壓痛，肝功異常，出現黃疸（常見於黃麴黴菌及島青黴菌中毒），蛋白尿，血尿，甚至尿少、尿閉等（純綠青黴菌中毒易發生）。
有些真菌（如黑色葡萄穗狀黴菌、島青黴菌）毒素引起中性粒細胞減少或缺乏，血小板減少發生出血。有些真菌（如棒麴黴菌、米麴黴菌）中毒易發生神經系症狀，而有頭暈、頭痛、遲鈍、躁動、運動失調，甚至驚厥、昏迷、麻痹等。
患者多死於肝、腎功能衰竭或中樞神經麻痹，病死率可高達40％～70％。慢性真菌性食物中毒除引起肝、腎功能及血液細胞損害外，有些種真菌可以引起癌症。
真菌性食物中毒有特效治療方法嗎？
真菌性食物中毒死亡率很高，即使不致死亡，其後果一般也均較嚴重。但目前對真菌性食物中毒尚無特效治療。因此預防真菌性食物中毒就顯得特別重要。食物要保管好，不使發黴變質；變質發黴食物再也不能食用。
