尿結石的診斷不應只停留在判斷結石是否存在，更應瞭解其併發症有無及嚴重程度，包括有無梗阻和感染，分腎功能如何。還應瞭解可能的原發病因。
1.尿石存在的診斷：大部分病人可根據其典型的腎絞痛、血尿，結合Ⅹ線檢查而確診。少數病例以無痛性血尿、腎積水、尿路感染，或以一側或全腎功能受損而就診，這就需要有對本病的警惕性及進一步的泌尿系形態學檢查而獲確診。
2.尿石併發症的診斷：不能僅根據結石的大小來判斷有無梗阻，應做形態學檢查。判斷梗阻的程度及腎功能，可採用IVP、BUS及靜態或動態核素掃描或攝像。有無感染存在可依據臨牀表現、尿常規及尿培養等判斷，必要時運用特殊的培養方法。對於長期存在的結石應注意除外鱗癌的合併存在。
3.尿石病因的診斷：應詳細詢問有關病因方面的病史，如生活史（居住、飲食、工作環境）、家族史（遺傳性疾病、尿石家族）、既往史（甲旁亢、痛風、潰瘍病、腸道手術、慢性腹瀉、骨折臥牀、泌尿系感染及糖尿病、高血壓、休克、虛脫等）、用藥史（磺胺、牛乳加小蘇打、阿斯匹林、維生素C、D、激素、乙酰唑胺、鈣劑、苯妥因、瀉藥、止痛藥、利尿藥等）。同時結合實驗室檢查及其他檢查，如血清及尿液檢查（血鈣、磷、尿酸，24小時尿鈣、磷、尿酸、草酸、胱氨酸、枸櫞酸）;尿培養如爲尿素酶細菌（主要爲各型變形桿菌、某些肺炎桿菌、綠膿桿菌、沙雷氏菌屬、腸產氣菌、葡萄球菌、普羅菲登斯菌及尿素支原體）感染，應考慮是否爲感染性結石;特殊代謝檢查（如腎小管酸中毒的氯化銨負荷試驗，原發性甲旁亢的腎小管磷再吸收、鈣負荷試驗等）;結石成分分析等進行推斷。另外，閱讀Ⅹ線平片上結石的密度、輪廓、紋理及CT檢查的薄斷層片、CT值，均可粗略推測結石的成分。局部因素常可通過泌尿系統形態學檢查得以發現。
