首先以潰瘍癒合時間來區分。良性口腔潰瘍一般數天至數週可以癒合，而惡性口腔潰瘍則呈進行性發展，數月甚至年餘不癒合。
其次可以形態區分。良性口腔潰瘍一般形態比較規則，圓、橢圓或呈線條形，邊緣整齊，清楚，與周圍組織分界清，凹陷的基底部較平滑，摸上去柔軟，疼痛明顯。而惡性口腔潰瘍形態多不規則，邊界不清，邊緣隆起呈凹凸不平狀，潰瘍底部不平，呈顆粒狀，觸之質硬韌，明顯區別於正常粘膜，潰瘍疼痛反而不甚明顯。
第三可以病程規律區分。良性口腔潰瘍常常反覆發生，有自限性，惡性口腔潰瘍卻無復發史，一旦發病，就遲遲不癒合。
第四可以全身情況區別。良性口腔潰瘍全身症狀少見，頸部淋巴結不腫大或雖腫大但不硬不粘連。惡性口腔潰瘍則相反，有的甚至有惡病質。最後可根據對藥物的敏感程度作出判斷。良性口腔潰瘍一般用消炎防腐類藥物後效果明顯，癒合加快，而惡性口腔潰瘍則常常對藥物“不理不睬”，療效不明顯。
