激素紊亂。絕經和哺乳期的激素變化是性交疼痛的常見原因。絕經後，由於雌激素水平降低，使陰道壁變薄、彈性減小，潤滑性能也下降，所有這些都會產生性交疼痛;在哺乳期，促使產奶的激素也使身體內的雌激素水平下降，致使陰道乾燥。使用陰道潤滑液可以幫助這兩個時期的婦女減輕性交疼痛。
子宮內膜異位。這種疾病就是子宮內膜的組織“移民”到了盆腔，並在那裏建立“定居點”生長繁殖起來。異位的組織繼續保持它在子宮內的行爲，即週期性的加厚、脫落、出血和結疤，從而導致劇烈疼痛。如今，大多數子宮內膜異位症的患者可以通過藥物和手術進行治療，療效不錯。
感染。感染通常導致分泌物增多、有異味和排尿疼痛等。但感染的最初症狀往往是性交疼痛。陰道感染會減少潤滑，使性交時或性交後產生疼痛。常見的有酵母菌感染和滴蟲病。深部疼痛可能是由於膀胱感染。一些由性行爲傳染的疾病造成的感染也是造成性交疼痛的另一禍首。例如，性交時腹部疼痛可能是衣原體感染的症狀。它是一種不易覺察的性病，有時可以隱藏5—10年。如不加治療，可導致盆腔感染性疾病，使性交更加疼痛。一旦診斷明確，大多數感染可以通過服用抗生素或使用抗菌塗劑來治療。
精子過敏。它的一般症狀是陰道疼痛、有灼燒感，並且可以持續到性交後數天。有些婦女還會發生蕁麻疹、哮喘、呼吸困難甚至危及生命。最簡單的治療辦法是使用避孕套;另一種脫敏治療是給妻子注射從丈夫精液中提取的蛋白質，從極少量開始，然後逐漸增加，以達到脫敏目的。
間質性膀胱炎。這是一種慢性膀胱感染導致嚴重的盆腔疼痛，性交時更加厲害。它往往容易和尿道感染相混淆，因爲它也導致尿頻、尿急。但是它更難以診斷和治療，且大多數患者也有過分敏感症。雖然導致間質膀胱炎的原因還不十分清楚，但治療的方法很多，包括用一些尿路消炎藥、止痛藥等。
診斷檢查。根據病史和臨牀表現不難得出診斷。由於器質性性交疼痛應採取特定的治療措施，所以在確定爲精神性性交疼痛前，必須尋找和排除器質性因素。應仔細詢問病史，如外傷手術史、用藥史、月經婚育史、不潔性交史、白帶情況;性交疼痛發生的部位、時間及性質;細緻的進行全身及婦科檢查，進行必要的輔助檢查，如血尿常規、陰道分泌物檢查、B超、骨盆X線檢查等。需要與陰道痙攣、性交不能、性交不適相鑑別。
神經問題。神經問題經常發生在生育或做盆腔手術後，盆腔神經受到損傷。生育或子宮切除術會經常傷害神經導致疼痛。抗抑鬱藥和抗驚厥藥可以控制神經痛。
