微波烹調是讓食品分子快速加熱的新方式。它所加熱的，實際上主要是食物中的水分子，所以適合於各種富含水分的食物。
微波烹調能更多保留維生素。由於微波烹調效率較高，所需時間較短，出水較少，在達到成熟或達到殺菌要求時，各種維生素的損失低於油炒烹調的方法，更大大低於水煮方法。
微波烹調能保持蔬菜新鮮。一項用綠蘆筍做的研究可以說明問題。爲了製作蘆筍罐頭，研究者設計了幾種滅菌設備，一個是微波循環水加熱系統，另一個是高壓水加熱系統，還有普通蒸氣加熱系統。最後發現微波系統滅菌的抗氧化活性比其他兩種方法還要高一些。微波烹調能保持蔬菜顏色鮮綠，葉綠素損失較小。如苦菜經過微波烹調後，葉綠素損失只有8.2%，而焯燙之後葉綠素的損失達46.9%。
微波爐還能減少加熱所產生的致癌物質。研究發現，微波加熱時間短，容易控制，不容易造成加熱不均勻和加熱過度的現象，所以能夠減少食品高溫加熱所產生的致癌物質，比如蛋白質過熱形成的雜環胺，還有澱粉類食物過熱產生的丙烯酰胺等。
不過，凡事有利就有弊，微波烹調可能會降低肉中有益脂肪酸含量。 在一項最新研究報告中，對牛肉加熱之後的脂肪酸變化進行了測定。有的用微波加熱，有的用傳統蒸煮方式加熱，一直到牛肉的中間溫度相同爲止。結果發現，與蒸煮方式相比，微波加熱時，歐米伽3的比例明顯下降。而較低溫度的蒸煮方式不僅對不飽和脂肪酸影響比較小，甚至還會略微增加多不飽和脂肪酸的含量。
因此，微波爐烹調更適用於湯湯水水和蔬菜等高水分低脂肪食品，而魚類、鴨肉、海鮮、蛋黃等含有歐米伽3較爲豐富的食物，還是選擇傳統蒸煮烹調方式更好。
