一是免疫功能的異常：
免疫系統是人體最重要、最堅實的抵抗各種內外環境致病因子的屏障武器。如果人體免疫功能出現各種異常，則必然會影響到其抵抗消滅入侵人體的各種致病因子的能力，但大量的臨牀研究顯示，乙肝患者90%以上都不同程度的存在着免疫功能的異常和紊亂。
二是病毒複製繁殖的特殊位置：
研究顯示，乙肝病毒將其複製和繁殖病毒的大營設在肝細胞核內，同時不斷攝取並利用肝細胞的核酸物質來合成自身的生命遺傳物質，這不但對肝細胞本身產生了不同程度的損傷，同時也給藥物的治療帶來了巨大困難。
三是抗病毒藥物的侷限性：
現代抗病毒藥物都不能直接到達肝細胞核，這樣，抗病毒藥物只能守候在肝細胞核外等待已經複製好的病毒出來才能予以清除和殲滅。由於藥物無法直接進入細胞核，所以存在於肝細胞核裏的病毒很難徹底被清除，這也是爲什麼目前各種抗病毒治療都幾乎無法轉陰的根本原因。
