主要症狀是疼痛和血尿，極少數病人可長期無自覺症狀，待出現腎積水或感染時才被發現。
(一)疼痛：大部分患者出現腰痛或腹部疼痛。較大的結石，在腎盂或腎盞內壓迫、摩擦或引起積水，多爲患側腰部鈍痛或隱痛，常在活動後加重;較小的結石，在腎盂或輸尿管內移動和刺激，引起平滑肌痙攣而出現絞痛，這種絞痛常突然發生，疼痛劇烈，如刀割樣，沿患側輸尿管向下腹部、外陰部和大腿內側放射。有時患者伴有面色蒼白、出冷汗、噁心、嘔吐，嚴重者出現脈弱而快、血壓下降等症狀。疼痛常陣發性發作，或可因某個動作疼痛突然終止或緩解，遺有腰、腹部隱痛。如輸尿管末端結石，尚可引起尿路刺激症狀。疼痛以後，有的患者可從尿內排出小的結石，對診斷有重要意義。
(二)血尿：由於結石直接損傷腎和輸尿管的粘膜，常在劇痛後出現鏡下血尿或肉眼血尿，血尿的嚴重程度與損傷程度有關。
(三)膿尿：腎和輸尿管結石併發感染時尿中出現膿細胞，臨牀可出現高熱、腰痛，有的病人被診斷爲腎盂腎炎，作尿路X線檢查時才發現結石。
(四)其它：結石梗阻可引起腎積水，檢查時能觸到腫大的腎臟。腎區輕微外傷後可因體檢時發現腫大的腎臟而誤診爲腎臟嚴重創傷。結石同時堵塞兩側上尿路或孤立腎時，常發生腎功能不全，甚至無尿，有的病人尚可出現胃腸道症狀，貧血等等。
